黄三文，男，研究员，博士生导师。1971年9月生于湖南岳阳，1993－1996年在中国农业大学学习，获得学士和硕士学位，2000-2005年在荷兰瓦赫宁根大学学习，获得博士学位。1996-2000年和2005年至今在中国农业科学院工作。
现任中国农业科学院农业基因组研究所所长。
2012年获得“国家杰出青年科学基金”资助，入选科技部中青年科技创新领军人才，担任国家“973”项目首席科学家。担任西北农林科技大学等兼职教授、中央国家机关青联委员，2013年云南省高端引进人才柔性引到云南师范大学。
研究领域包括植物基因组学、蔬菜分子生物学和分子育种研究，主要致力于构建蔬菜全基因组设计育种的理论和方法体系，打通“从基因组到新品种”的技术通路。回国后先后主持了科技部、农业部和国家自然科学基金委项目10余项，担任国家“973”项目“主要蔬菜重要品质性状形成的遗传机理与分子改良”首席科学家，2012年获得国家杰出青年科学基金资助。共发表SCI论文38篇和学报级论文40余篇，SCI论文累计影响因子280。其中以第一和通讯作者在Nature、Nature Genetics、Plant Journal、Genetics、MPMI等杂志上发表SCI论文17篇。2005年获中国国家留学基金管理委员会颁发的“国家优秀留学生奖学金”，2007年获“国家科技进步二等奖”，2011年获得科技部颁发的“十一五国家科技计划执行优秀团队奖”，2012年获得中国园艺学会颁发的“华耐园艺科技奖”。
在国际植物基因组学界具有较大的影响。担任国际黄瓜基因组计划的首席科学家，也是国际马铃薯基因组测序协作组执委和国际茄科基因组研究协作组织的共同主席。组织了Plant Genome Evolution Conference (2011，荷兰阿姆斯特丹)以及国际茄科和葫芦科基因组2011年联会(SOL&ICUGI 2011，日本筑波)。2009年受邀在美国康乃尔大学Boyce-Thompson植物研究所、加州大学戴维斯分校、威斯康星大学做黄瓜和马铃薯基因组研究报告，2011年受邀在美国植物生物学年会(ASPB 2011)做《马铃薯和黄瓜的基因组学研究进展》的大会报告。担任《Journal of Integrative Plant Biology》、《Euphytica》(国际植物育种学报)和《农业生物技术学报》编委。